Genome Tools
CRISRP-Cas9によるゲノム編集時のメダカゲノムのon target及びoff targetサイトの検索データベース(http://viewer.shigen.info/medakavw/crisprtool/)を京都大学の木下先生、NBRP情報センターとともに構築いたしました。
ガイドRNAの認識配列(PAM配列より5’側の18-20塩基)を入力していただき、結果を受け取るemailアドレスを入力してください。配列検索をするターゲットデータベースは染色体にアサインされている配列のみを対象にする際には、chromosomeを選択します。現在ゲノム配列データが明らかになっているすべての配列を対象にする場合にはscaffoldを選択してください。また配列内のミスマッチは0-4箇所まで選択できます。通常は4を選んでいただければより広くoff targetサイトを検索できると思います。一方で解析の時間はより必要となります(現在は4を選択した場合20分程度でメールの返信があります)。 Emailで受け取る結果として下記の情報がcsvファイルとして電子メールにて返信されます。
1. 入力されたガイドRNAの配列情報と検索条件 2. 検索されたchromosome/scaffold名と入力したガイドRNA配列が認識する配列位置と配列情報、forward/reverse鎖の区別、そしてその配列の上流と下流500bpの塩基配列情報
上流と下流500bpの塩基配列情報はプライマーを設計しPCRによって実際にon target及びoff targetサイトが切断されたかどうかを確かめるために利用することができます。
作成したばかりのサイトですので、まだバグや不具合があるかもしれません。利用してのコメント等をぜひお寄せください。できるだけ使いやすいデータベースにしていきたいと思います。また実際の解析事例もお送りしますのでご参考にしてください。 NBRP Medaka